Aide pour Algo-bio

Aller j'ouvre la permanence pour AlgoBio.

Si vous avez des problèmes pour faire les TP, posez vos questions ici.

Bon courage à tous.

ça me manque algo pour la bio et ce qui me manque le plus c'est structure de données et complexité (le pire c'est que je plaisante pas ça me manque vraiment)

Plus rien ne m'étonne !!!

J'ai un petit problème avec mon prog en algo, à chaque fois que je veux mettre les données de mon fichier dans un tableau, ou les données de mon tableau dans un fichier, ça me met qu'il y une erreur.
j'imagine qu'il y a quelque chose de particulier à faire mais je trouve pas quoi.
quelqu'un aurait-il la solution magique?

Salut , je t'ai envoyé la méthode de sortie fichier par mp , si ça peux t'aider

Quand vous posez des questions mettez du code c'est mieux pour comprendre le probleme

oui le code avec le message d'erreur ca aidera à chaque fois

Moi je parie sur un FileNotFound Exception !

A priori le probleme est resolu sinon on aurait eu un retour

je suis toujours à la recherche de la solution magique :
voici mon programme:
package tp1;

import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.io.*;

public class Traducteur {
String tabAA[];
String tabCodon[];
public void remplirTableauCodon(String filename)
{
try
{
BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(filename));
String carac="";
for(int i=0; i<128; i++)
{


tabAA[i]=br.readLine();

}

br.close();
this.setTabAA(tabAA);
}
catch (IOException ex)
{
ex.printStackTrace();
System.exit(-1);
}
}
public String[] getTabAA() {
return tabAA;
}
public void setTabAA(String[] tabAA) {
this.tabAA = tabAA;
}

}

et l'erreur qu'il affiche c :

Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException
at tp1.Traducteur.remplirTableauCodon(Traducteur.java:22)
at tp1.MainTP1.main(MainTP1.java:14)

Il me semble que tu lui demandes une valeur absente es-tu sur qu'il y a 128 lignes dans ton fichier texte en entrée.

en plus je me demande pourquoi tu appelles l'acesseur setTabAA dans ça propre classe, c'est inutile.

je te conseil plutot cette approche indépendante du nombre de lignes :


String seq="";
int a=0;
BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(fichier));
while ((str = in.readLine()) != null)
{
tabAA[a]=str;
a++;
}

Je suis tout à fait d'accord avec vieux_truc (bravo pour la réactivité).
Je pense aussi que tu essaies d'accéder à des lignes inexistantes dans le fichier.

Je ne sais pas comment réagit java mais j'ai peur qu'avec certaines lignes tu produises des erreurs :
J'ai peur qu'avec la ligne "tabAA[i]=br.readLine();" java ne remplisse l'attribut de ta classe. En général moi je met un this quand j'accède à cette variable.
Si c'est le cas ton " this.setTabAA(tabAA);" ne sert plus à rien.

Moi j'aurais besoin d'un peu d'aide pour le tp4 sur les k-mean.
Si quelqu'un a compris clairement la feuille de tp pourait-il m'aider, histoire d'étoffer pour avoir un algo clair.
car

a+

je vais me pencher dessus demain , je te tiens au courant de ce que j'aurais compris... si j'ai pas

On est plusieur a ne pas y voir tres clair donc des qu'une personne tien un bon bou ce serait cool qu'il partage.

De toute façon je m'y penche ce week-end.

A+

Ok merci , affaire à suivre

Je vous donnerais bien mon code mais le probleme c'est que j'ai filé mon code d'algo pour la bio à vincent l'année dernière et donc si vous avez le même il va se douter de quelque chose mais si non montrez votre code on peut essayer de débugger

Hello,
quand j'utilise les classes graphiques pour affiche rmon dotplot , tout va très bien pour les petites sequnences mais dès que je passe à des vrais sequences, ça dure super longtemps, tellemet longtemps qu'en fait je n'ai pas la patience d'attendre.

ça vous le fait aussi? si non vous avez optimisé comment? à quel endroit?

Si c'est pour le dotplot non filtré c'est normal. Y'as tellement de points à affiché que ca rame.
Si c'est pour le filtré, ca dure pas si longtemps que ca.

aller courage

Merci mais en fait j'avais bien un problème, il fallait enlever tout les system.out.println("drawmath("coordonnées")").
je sais pas si vous comprennez ce que je veux dire mais si vous aussi ça met 3000 ans pour afficher le dotplot sachez que la solution existe il suffit juste d'enlever les affichages dans la fonction drawmatch et là on passe à la vitesse supérieure.
En tout cas merci quand même

Ah bah vi je pensais que tu l'avais déjà fait ca...
Les system c'est vachement gourmand alors si t'en fait des milliers voir millions pour un dot plot non filtré...

chose promise chose due, voilà le initKclasse du tp4

public void initKClass(int n, int d, int k, Point[] c, double r)
{
if(c.length!=k)
{
System.out.println("Erreur lors de la création de la puce");
}
else
{
nGene = n*k;
dim = d;
genes= new Gene [nGene];
Random rand = new Random();
Calendar calendrier = Calendar.getInstance();
int nbrPourInitialiser=calendrier.get(Calendar.SECOND);
rand.setSeed((long)nbrPourInitialiser);//initialisation du Random

for(int i=0;i<k;i++)//pour chaque classe
{
for(int j=0;j<n;j++)//pour chaque points à créer
{
double [] coord = new double [d];
for(int dimension=0;dimension<d;dimension ++)// pour chaque dimension
{
coord[dimension]= c[i].coord[dimension]+rand.nextDouble()*r;
}
int num=i*n+j;
genes[num]= new Gene(""+num,new Point(d,coord));
}
}
}
}

Question con, mais utile : où récupère-t-on le tableau de codons ???