pb pour installer les packages bioperl sous fedora core 4

salut tout le monde, moi c'est david (Bienvenu)....

ça fait 1 semaine que j'essaye d'installer bioper 1.4 sous fedora core 4 au boulot, et ça ne marche pas....


je travaille habituellement sous windows xp (oui, je sais bouuuhhhh ), mais je dois et je vais de plus en plus travailler sous fedora core, la distribution de linux installée en dual boot sur mon PC du boulot .

en effet, je commence à travailler dans la bioinfo, et énormement de logiciels open source dédié à la bioinformatique ne tournent que sous linux.

mon probléme est l'installation de logiciels sous fedora core en général, et de packages en particulier.
j'ai les droits de superutilisateur (root), mais je ne sais pas où je dois placer les archives à compiler via le terminal (/usr/bin??)
comment gérer les problémes de dépendances quand je dois installer un nouveau logiciel??

je suis amené à travailler avec les packages Bioperl associés à Perl (fournis sous la forme de tar.gz), et impossible de les installer via le terminal: je ne sais pas m'y prendre.

je lit scrupuleusement les infos d'instalation des fichiers readme et install, je suis les consignes, j'arrive à les décompresser, mais l'installation des packages necessite les commandes suivantes:
>perl Makefile.PL
puis
>make (c'est à ce moment que le message "make: *** Pas de cibles spécifiées et aucun makefile n'a été trouvé. Arrêt." apparait)
puis
>makeinstall mais je n'arrive même pas jusque là...


quelqu'un pourrait m'aider svp???

Salut David,

Content de te voir ici

Je veux pas te dire de connerie mais il me semble que pour ce module , j'ai juste décompressé puis indiqué le chemin dans le .bashrc

Mais bon , je laisse la parole aux experts

merci jb, ton "truc" est censé marché, mais aprés 1 semaine à m'arracher les cheuveux, j'ai enfin résolu le mystére:

pour une raison inconnue, le Perl installé avec fedora core 4 (version 5.8.6) ne fonctionnait pas.

en effet, pour installer bioperl1-4 (la version stable la plus récente), il faut lancer un script perl qui va creer un fichier du type "makefile" qui ensuite permet l'installation en tapant "make" dans le terminal...

je lançais le script perl en tapant "perl Makefile.PL", et rien ne se passait...

en mettant à jour Perl (version 5.8.8 ) grâce à la commande "yum install perl", et en refaisant comme indiqué dans le "readme", ça a marché nickel: le fichier makefile a été créé, et j'ai enfin pû installer bioperl et tous ses jolies modules tellement importants pour nous, bioinformaticiens...

Cool , premier problème résolu